Państwo członkowskie może odmówić zwrotu VAT (poprzez Trzynastą Dyrektywę) z tego tytułu, że podatnik nie przedstawił w określonym terminie skorygowanych faktur, przez co organ wydał ostateczną decyzję administracyjną, która zamykała możliwość ubiegania się o ten zwrot w późniejszym terminie. Pod warunkiem jednak, że jest to zgodne z zasadą skuteczności.




Jeżeli podatnik otrzymał fakturę z wykazanym podatkiem VAT, a transakcja powinna podlegać odwrotnemu obciążeniu, to wówczas nie ma on prawa do odliczenia podatku z takiej faktury. Może jednak w szczególnych okolicznościach ubiegać się o zwrot podatku bezpośrednio od organów podatkowych.




Są zgodne z prawem unijnym (zasadą skuteczności oraz równoważności) przepisy krajowe, zgodnie z którymi niezapłacenie VAT jest penalizowane karą pozbawienia wolności w przypadku przekroczenia progu kwotowego 250.000 EUR, gdy w stosunku do podatku u źródła w podatku bezpośrednim próg ten wynosi 150.000 EUR.