Jeżeli nabywca wpłacił zaliczkę, a następnie dostawa nie doszła do skutku, to wówczas istnieje konieczność korekty podatku naliczonego. Nie zmienia tego fakt, że korekta podatku należnego nie została dokonana.

Jeżeli zaliczka została zapłacona dostawcy, a w chwili zapłaty wszystkie istotne okoliczności przyszłej dostawy były znane i dostawa wydawała się pewna, to wówczas nabywcy nie można odmówić prawa do odliczenia podatku naliczonego z takiej zaliczki – nawet jeżeli faktycznie finalnie do dostawy nie dojdzie.

W przypadku procedury “VAT marża” dla biur podróży obowiązek podatkowy powstaje również w momencie zapłaty zaliczki. W przypadku wpłaty zaliczki, do obliczenia podstawy opodatkowania należy wziąć pod uwagę szacowane koszty organizacji przyszłej konkretnej podróży. Nie trzeba zatem czekać z rozpoznaniem tych kosztów do momenty ich finalnego poniesienia. Tak obliczona podstawa opodatkowania powinna być później skorygowana.