Organ podatkowy może oszacować podstawę opodatkowania w VAT na podstawie faktur wystawionych na podatnika z tytułu dostaw wykonanych dla niego, gdy ten nie ewidencjonował zakupów i sprzedaży.

Szacowanie obrotu w celu określenia podstawy opodatkowania VAT jest dopuszczalne na gruncie dyrektywy VAT. Mechanizm ten jednak musi być zgodny z zasadami neutralności i proporcjonalności. Przez to metoda szacowania jest dopuszczalna tylko w przypadku niezadeklarowania poważnych kwot, a także przy szacowaniu należy zapewnić podatnikowi możliwość zakwestionowania szacowania oraz uwzględnienia podatku naliczonego wynikającego z zakupów.

Podatnik, który nie jest w stanie przedstawić dowodu na kwotę zapłaconego VAT swoim dostawcom poprzez przedstawienie faktur lub jakiegokolwiek innego dokumentu dowodzącego tę okoliczność, nie może skorzystać z prawa do odliczenia VAT. Sama opinia biegłego co do zakresu wykonanych dla podatnika robót przez innych przedsiębiorców nie jest wystarczająca do odliczenia podatku naliczonego.

W przypadku procedury “VAT marża” dla biur podróży obowiązek podatkowy powstaje również w momencie zapłaty zaliczki. W przypadku wpłaty zaliczki, do obliczenia podstawy opodatkowania należy wziąć pod uwagę szacowane koszty organizacji przyszłej konkretnej podróży. Nie trzeba zatem czekać z rozpoznaniem tych kosztów do momenty ich finalnego poniesienia. Tak obliczona podstawa opodatkowania powinna być później skorygowana.