Państwo członkowskie może różnicować długość okresu przedawnienia prawa do zwrotu nadpłaty VAT w zależności od tego, czy wynika ona z zaniżonego podatku naliczonego, czy z zawyżonego podatku należnego.

Nie można odmówić prawa do zwrotu VAT, który wynika z transakcji w okresach “zamkniętych” uprzednią kontrolą podatkową.