Jeżeli podatnik zadeklarował wprowadzenie importowanego towaru do składu celnego, ale do składu go nie wprowadził, a rozliczył import na zasadzie odwrotnego obciążenia, to żądanie zapłaty VAT z tytułu braku wprowadzenia towaru do składu celnego jest niedopuszczalne.

Spółka przewozowa dokonująca odprawy celnej (nie będąc importerem, ani właścicielem towarów) nie ma prawa do odliczenia VAT naliczonego, jeżeli jest zobowiązana do zapłaty VAT należnego z tytułu powstania długu celnego.

Jeżeli organ celny nakazuje zapłatę należności celnych na podstawie art. 204 kodeksu celnego (a zatem ze względu na naruszenie obowiązków formalnych w cle), ale towary niewspólnotowe w istocie zostały wywiezione z UE w ramach danej procedury celnej – to podatek VAT nie jest należny z tytułu importu w związku z takim powstaniem długu celnego.

Jeżeli dług celny powstał w wolnym obszarze celnym i towary nie mogą być skonsumowane na terenie UE, to nie powstaje obowiązek w VAT.

Towar, który w trakcie procedury tranzytu został uszkodzony lub przestał istnieć i dlatego nie może być wprowadzony do obrotu na terytorium Unii nie może być uznany za przywieziony (zaimportowany) i dlatego nie podlega VAT.

Koszty transportu i inne koszty dodatkowe przy imporcie są zwolnione z VAT, jeżeli wchodzą do podstawy opodatkowania importu. Również jeżeli wykonuje je inny podmiot po imporcie.

Obowiązek podatkowy w VAT w imporcie powstaje na skutek samego powstania długu celnego – również na skutek naruszenia przepisów celnych. Jeżeli jednak pewne jest, że towary weszły do obrotu w innym państwie członkowskim niż tak, gdzie powstał dług celny, to obowiązek w VAT powstaje w tym innym państwie.